Центром духовной жизни гимназии, его подлинным сердцем, является не столько учебная аудитория, сколько храм — священное место встречи с Богом, где совершается молитва и проходит богослужение.
В храмах монастыря студенты Верхотурской православной мужской гимназии не только присутствуют на богослужениях, но и активно участвуют в них.
В воскресные и праздничные дни учащиеся проходят богослужебную практику: несут послушания пономарей, звонарей, дежурных по храму и чтецов. Через это они воспитывают в себе благоговейное отношение к святыне и стремление к духовному служению.