В России начальное образование в те годы структурировалось на три ступени. К школам 1-ой ступени относились одноклассные ЦПШ, Школы грамоты, воскресные (для взрослых) и земские школы. К школам 2-ой ступени относились двухклассные ЦПШ, двухклассные училища различных министерств и ведомств, и часть Приходских училищ. В них было четырехгодичное обучение. Первые два года проходили тот курс, что был в одноклассной ЦПШ, а во втором классе два года дополнительно изучали ряд предметов начального уровня. При школах создавали певческие хоры. Привлекались ученики в качестве чтецов и пономарей.
Одноклассная верхотурская ЦПШ усилиями настоятеля архим. Арефы (Каторгина) в 1906 г. была реформирована до уровня второклассной с четырехлетним сроком обучения. Были дополнительные предметы второго класса. В монастырской ЦПШ в ремесленных классах обучали ещё столярному, сапожному и переплетному делу. Надо полагать, ЦПШ в те годы давала очень неплохую путевку в жизнь ребятам, многие из которых не могли в перспективе положиться на отсутствующих родственников.
Когда число воспитанников увеличилось, то потребовалось новое здание. Согласно указу Екатеринбургской Духовной консистории от 14 августа 1903 г. за № 9907 было возведено «каменное, двухэтажное, крытое железом, находящееся в линию каменной гостиницы с юго-восточной стороны». До этого дети обучались в деревянном двухэтажном здании возле монастырской гостиницы. Стараниями архим. Арефы одноклассная ЦПШ стала полноценно функционировать при обители.
И в 1905/1906учебном году одноклассная монастырская школа была переделана в двухклассную. Теперь срок обучения составлял 4 года. К концу 1911 года в двухклассной монастырской школе обучалось 117 детей.
Во время войны и в революционное лихолетье монастырь наполнился ранеными и беженцами, а школа и общежитие - новыми сиротами. Однако революционные события вскоре привели к исчезновению как школы, так и монастыря.
Школы на территории обители при Советской власти
В течение 1918-20 гг. власть колчаковцев и большевиков попеременно трижды устанавливалась в городе. Нет данных, что большевики решительно стали бороться с начальными церковными школами в период Революции и Гражданской войны. Если двухклассная школа и была закрыта, то не по причине гонений. Видимо, последним учебным годом стал 1917-18-й. Обучались 129 подростков. Резкое падение монастырских доходов могло стать причиной закрытия школы. Ребята всё ещё проживали в монастыре. Никто не намеревался разгонять детей. Но об обучении речь уже не шла: в каменном здании самой двухклассной школы с ноября 1918 года разместили солдат и белогвардейского 16-го Ишимского полка из состава Сибирской армии Колчака. Вернувшаяся в июне 1919 г. Советская власть развеяла последние надежды на полноценное функционирование обители и школы.
Окончательно утвердившихся в городе большевиков интересовал монастырь только как площадка для чего-либо. Попытались развернуть инструкторские школы для подготовки командиров. 3-я армия РККА срочно нуждалась в командных кадрах, поэтому в монастыре наспех были созданы на базе армии ускоренные курсы по подготовке командного состава революционной армии. Но и Пехотные курсы были свёрнуты в 1921 гг.
Во исполнение Декрета от 23.01.1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» на смену монахам пришли подразделения Главного управления мест заключения НКВД РСФСР. После Гражданской войны в стране насчитывалось около 7 млн. малолетних беспризорников. Масса беспризорников становились правонарушителями, ведь для того, чтобы выжить, такие дети когда-то примкнули к уголовникам. Для этого сложного контингента детдома не подходили, а «помещение в тюрьмы и лагеря способствовало бы закреплению формирующейся преступной психологии».
Было решено для малолетних правонарушителей впервые на Урале создать реформаторий. Реформатории появились в Англии, Австрии и Германии ещё в 1910-е гг. Туда принимали молодых преступников, только начинающих, дающих надежду на исправление. Здесь была школа, спорт и обучение ремёслам. В 1924 г. в Верхотурском монастыре появился реформаторий. Отныне территория монастыря использовалась властями для исправительно-педагогических задач. Продержался Верхотурский реформаторий до 1934 г. Режим сделали более жестким и реформаторий преобразовали в детскую трудовую колонию (ВДТК) закрытого типа. Контингент – в возрасте 13 – 18 лет. Цель колонии – приобщить к общественно-полезному труду и дать образование в объёме неполной семилетки, от 4 до 7 классов. Построили деревообрабатывающую фабрику, литейный и слесарно-механический цеха.
В 1942 г. ВДТК переименовали в Верхотурскую исправительно-трудовую колонию для несовершеннолетних (ВИТК). Теперь колонисты выполняли военные заказы: выпускали корпуса мин 82 мм., ящики под патроны и снаряды.
После войны и ликвидации системы ГУЛАГа в 1954-58 гг. колонию переименовали в Верхотурскую трудовую колонию несовершеннолетних (ВТКН). Теперь выпускали мирную продукцию.
В ВТК функционировала вечерняя школа №2. Ребята в ВТК имели возможность получить квалификацию по ряду рабочих профессий. Обучали ремеслу сапожника. Ребята, уже имевшие специальность, работали в литейном цехе. Школа находилась в двух сопряженных зданиях (каменном и каменно-деревянном) бывшей обители. Был стадион для соревнований. В храме Преображения Господня, снеся колокольню и световой барабан, устроили спортивный зал.
Со второй половины 80-х гг. на волне Перестройки был поставлен вопрос переезда ВВТК с целью освободить место для реанимации монашеской жизни. Не могли место подобрать. Остановились на Кировграде. Реанимация монашеской жизни, поддерживаемая центральными властями, заставила сотрудников колонии покинуть стены бывшей верхотурской обители.